在變節的絕地武士杜酷伯爵的策動之下，幾千個太陽星系決定脫離銀河系共和國，分離份子包圍了數百個星球，力量強大的企業聯盟向銀河系擺出威脅的姿態，火力之強悍，連絕地武士也難以招架。各地的騷動都源起於醞釀已久的神秘原力，導致即將開始的複製人戰爭，也是銀河共和國開始踏上滅亡之路。 銀河系共和國的聯合議會決定組成臨時軍隊，出兵攻打分離主義份子，而其中一名議員，也就是那卜星球前任女王艾米達拉（娜塔莉波曼飾），極力反對「以暴制暴」的策略，但並不是每個人都同意艾米達拉維護和平的決心，因此艾米達拉數次遭到刺殺。 絕地武士歐比王（伊恩麥奎格飾）派出他的徒弟天行者安納金（海登克理斯坦森飾），負責保謢艾米達拉的安全。在《星際大戰首部曲：威脅潛伏》還是十來歲小男孩的安納金，此時已長成英俊挺拔的少年。 當這個年輕人護送艾米達拉退到宛如世外桃源的安全避難所時，一種微妙、青澀的情緒開始滋生，這將挑戰艾米達拉一向只以天下為己任的做事態度，以及安納金為成為絕地武士應該恪遵「不得動怒，不得憎恨，不得動情」的誓言。在這動盪不安的迫切時機，他倆意識到他們所做的任何選擇，不只會改變他們的命運，更是整個銀河系共和國的未來。